| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCAGCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-503 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-15-P1a Cpo-Mir-15-P1b Cpo-Mir-15-P1c Cpo-Mir-15-P1d Cpo-Mir-15-P2a Cpo-Mir-15-P2b Cpo-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-15-P2c Ami-Mir-15-P2c Bta-Mir-15-P2c Cfa-Mir-15-P2c Cin-Mir-15-P2 Cli-Mir-15-P2c Cmi-Mir-15-P2c Cpi-Mir-15-P2c Dno-Mir-15-P2c Dre-Mir-15-P2c-v1 Dre-Mir-15-P2c-v2 Ete-Mir-15-P2c Gga-Mir-15-P2c Gja-Mir-15-P2c Hsa-Mir-15-P2c Lch-Mir-15-P2c Loc-Mir-15-P2c Mdo-Mir-15-P2c-v1 Mdo-Mir-15-P2c-v2 Mml-Mir-15-P2c Mmu-Mir-15-P2c Mun-Mir-15-P2c Oan-Mir-15-P2c Ocu-Mir-15-P2c Pbv-Mir-15-P2c Rno-Mir-15-P2c3 Rno-Mir-15-P2c4 Sha-Mir-15-P2c-v1 Sha-Mir-15-P2c-v2 Spt-Mir-15-P2c Tgu-Mir-15-P2c Xla-Mir-15-P2c1 Xla-Mir-15-P2c2 Xtr-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_128: 2878959-2879021 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P2c) |
Mir-450-P3
scaffold_128: 2872948-2873006 [-]
UCSC
Mir-450-P2 scaffold_128: 2873103-2873159 [-] UCSC Mir-450-P1 scaffold_128: 2873272-2873328 [-] UCSC Mir-542 scaffold_128: 2874159-2874217 [-] UCSC Mir-15-P2c scaffold_128: 2878959-2879021 [-] UCSC Mir-15-P1c scaffold_128: 2879319-2879377 [-] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGACGCAGUGCCCAGCACUCAGCCGUGCCCUAGCAGCGGGAACAGUACUGCAGUGAGGGAUUUGUGCUCUGGAGUGUUGUUUCUGCUGCCAGGGCAAGUCUGGGACUUCUACAUGGGCACAGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGACGCAGUGCCCAGCA--| CCG A G UGAGGGA CUCAG UGCCCU GCAGCGGGAACAGUACU CAG \ GGGUC ACGGGA CGUCGUCUUUGUUGUGA GUC U UGACACGGGUACAUCUUCA^ UGA C G UCGUGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-15-P2c_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047307 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCGGGAACAGUACUGCAG -23
Get sequence
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| Co-mature sequence | Cpo-Mir-15-P2c_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047308 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- GGAGUGUUGUUUCUGCUGCCAGG -63
Get sequence
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