| MirGeneDB ID | Cpi-Let-7-P2b4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-let-7a-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpi-Let-7-P1b Cpi-Let-7-P1c Cpi-Let-7-P1d Cpi-Let-7-P2a1 Cpi-Let-7-P2a2 Cpi-Let-7-P2a3 Cpi-Let-7-P2a4 Cpi-Let-7-P2b1 Cpi-Let-7-P2b2 Cpi-Let-7-P2b3 Cpi-Let-7-P2c1 Cpi-Let-7-P2c2 Cpi-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2b4 Ami-Let-7-P2b4 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Cgi-Let-7 Cli-Let-7-P2b4 Cmi-Let-7-P2b4 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2b4a Dre-Let-7-P2b4b Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Gga-Let-7-P2b4 Gja-Let-7-P2b4 Gmo-Let-7-P2b4a Gmo-Let-7-P2b4b Hme-Let-7 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2b4 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2b4 Mal-Let-7-P2b4a Mal-Let-7-P2b4b Mun-Let-7-P2b4 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2b4 Obi-Let-7 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2b4 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2b4 Spu-Let-7 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2b4 Tni-Let-7-P2b4a Tni-Let-7-P2b4b Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584430: 236968-237045 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2b4) |
Let-7-P2a4
JH584430: 236767-236837 [+]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2b4 JH584430: 236968-237045 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCAGCAGGCCUCUGUACUGCUCUGUGGAGGUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUGGUGGGAGGGAUUUCAUCCCAUUUCAGGUGAUAACUAUACAGUCUAUUGCCUUCCUUAAAGAGCAGCAAAACGGCUUGAGGAACGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCAGCAGGCCUCUGUAC---| GUG U GU UGGUGGGAGGGAUUUC UGCUCU GAGG GAGGUAGUAG UGUAUAGUU \ ACGAGA UUCC UUCCGUUAUC ACAUAUCAA A GCAAGGAGUUCGGCAAAACG^ AA- - UG UAGUGGACUUUACCCU 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpi-Let-7-P2b4_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0037594 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU -22
Get sequence
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| Star sequence | Cpi-Let-7-P2b4_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0037597 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
57- CUAUACAGUCUAUUGCCUUCC -78
Get sequence
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