| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-8859-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-8859 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCGCGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-8859b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cfa-Mir-8859-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. familiaris | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | C. familiaris | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr18: 46690581-46690638 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8859-P1) |
Mir-8859-P2
chr18: 46690410-46690471 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-8859-P1 chr18: 46690581-46690638 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCACCGCGGAUCCGAAUCCGGGGGUCGGGUUCCGCGCCUGGAGUCCGCCUCGUGGUUCUGAGUCCGGGUCGGAUUCCGUGCCUGGAGUCCGCCCCGCGGGCCUGCAUCGUGGUUCCAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCACCGCGGAUCCGAAU-- -| U GU C C C UGGUU CCG GGGG CGG UCCG GC UGGAGUCCG CUCG C GGC CCCC GCC AGGU CG GCCUUAGGC GGGC U AACCUUGGUGCUACGUCCG G^ - UG C U U CUGAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-8859-P1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCCGCGCCUGGAGUCCGCCUCG -22
Get sequence
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| Star sequence | Cfa-Mir-8859-P1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0034358 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- GGUCGGAUUCCGUGCCUGGAGU -58
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-8859b miRDB: MIMAT0034358 |
