| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-875 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUACCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-875 Ami-Mir-875 Bta-Mir-875 Cli-Mir-875 Cpi-Mir-875 Ebu-Mir-875 Ete-Mir-875 Gja-Mir-875 Hsa-Mir-875 Mdo-Mir-875 Mml-Mir-875 Mmu-Mir-875 Mun-Mir-875 Oan-Mir-875 Ocu-Mir-875 Pbv-Mir-875 Pma-Mir-875 Rno-Mir-875 Sha-Mir-875 Spt-Mir-875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr13: 1539088-1539144 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-875) |
Mir-599
chr13: 1538941-1538999 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-875 chr13: 1539088-1539144 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAUUGCAUAAUUCUUCAAGUUUUGUGGUACUAUACCUCAGUUUUAUCAGGUGUUCUUUAAAAUCACCUGGAAAUACUGAGGUUGUGUUUCACUGAACAUGAGCUUCAUGACUUCUAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UAUUGCAUAAUUCUUCAA--| U U UAU U A UUCUU GUUU GUGG AC ACCUCAGU UU UCAGGUG \ CAAG CACU UG UGGAGUCA AA GGUCCAC U UAUCUUCAGUACUUCGAGUA^ U U UGU U A UAAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-875_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009931 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUACCUCAGUUUUAUCAGGUG -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-875 miRDB: MIMAT0009931 |
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| Star sequence | Cfa-Mir-875_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CCUGGAAAUACUGAGGUUGUGU -57
Get sequence
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