| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-590 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-590 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUUUUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-590 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-590 Dno-Mir-590 Hsa-Mir-590 Mml-Mir-590 Oan-Mir-590 Ocu-Mir-590 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Mammalia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Mammalia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr6: 6186538-6186598 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUCCUAAAAGUCCUCUAGCCAAUCAGAAAUGAGCUUAUUCAUAAAAGUACAGUAUGAUCCAGUAAACCUGUAAUUUUAUGUAUAAGCUAGUCUCUGAUUGAAACAUGCAACAAAUGUCUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUCCUAAAAGUCCUCUAGC--| A G U G UAUGAUC CAAUCAGA AU AGCUUAU CAUAAAA UACAG \ GUUAGUCU UG UCGAAUA GUAUUUU AUGUC C CUUCUGUAAACAACGUACAAA^ C A U A CAAAUGA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-590_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAGCUUAUUCAUAAAAGUACAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cfa-Mir-590_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0006700 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAAUUUUAUGUAUAAGCUAGU -61
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-590 miRDB: MIMAT0006700 |
