| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-339 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-339 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCCUGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-339-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-339 Cpo-Mir-339 Dno-Mir-339 Ete-Mir-339 Hsa-Mir-339 Mml-Mir-339 Mmu-Mir-339 Ocu-Mir-339 Rno-Mir-339 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr6: 15853520-15853576 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGGCCACAACAGCAGCUCUGGCAGCCGCCCUCCCUGUCCUCCAGGAGCUCACUUAUAUCUGGCCGUGAGCUCCUCGAGGCCAGAGCCCGCGUCUGCCUCCACUCAGCACCAAUCCAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CGGCCACAACAGCAGCUCU-| C CCUCC U C UUAUA GGCAG CGC CUG CCUC AGGAGCUCAC U CCGUC GCG GAC GGAG UCCUCGAGUG C AACCUAACCACGACUCACCU^ U CCCGA C C CCGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-339_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0011134 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCCCUGUCCUCCAGGAGCUCACU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-339 miRDB: MIMAT0011134 |
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| Star sequence | Cfa-Mir-339_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UGAGCUCCUCGAGGCCAGAGCC -57
Get sequence
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