| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-149 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-149 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUGGCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-149 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-149 Cpo-Mir-149 Dno-Mir-149 Ete-Mir-149 Hsa-Mir-149 Mml-Mir-149 Mmu-Mir-149 Ocu-Mir-149 Rno-Mir-149 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr25: 50483534-50483593 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCGCCCGGGGCCUCAGGCCGGCGCCCGGGCUCUGGCUCCGUGUCUUCACUCCCGUGUGUCCGAGGAGGGAGGGAGGGACGGGGGCUGUGCUGGGGCAGCCGGAACAGCGCAGGCCUCCGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCGCCCGGGGCCUCAGG- -| G UCU - G A GUGUGU CCGGC GCCC GGC GGCUCC GU UCUUC CUCCC \ GGCCG CGGG UCG UCGGGG CA GGAGG GAGGG C GGCCUCCGGACGCGACAA A^ G UG- G G - AGGAGC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-149_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009884 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUGGCUCCGUGUCUUCACUCCC -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-149 miRDB: MIMAT0009884 |
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| Star sequence | Cfa-Mir-149_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GAGGGAGGGACGGGGGCUGUGC -60
Get sequence
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