| MirGeneDB ID | Aca-Mir-34-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aca-mir-449c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aca-Mir-34-P1 Aca-Mir-34-P2a Aca-Mir-34-P2b Aca-Mir-34-P3a Aca-Mir-34-P3c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-34 Ami-Mir-34-P3d Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cgi-Mir-34 Cin-Mir-34 Cli-Mir-34-P3d Cmi-Mir-34-P3d Cpi-Mir-34-P3d Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dpu-Mir-34 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Gga-Mir-34-P3d Gja-Mir-34-P3d Gmo-Mir-34-P3d Isc-Mir-34 Lch-Mir-34-P3d Lgi-Mir-34 Loc-Mir-34-P3d Mal-Mir-34-P3d Mdo-Mir-34-P3d Mun-Mir-34-P3d Npo-Mir-34 Obi-Mir-34 Ovu-Mir-34 Pbv-Mir-34-P3d Pfl-Mir-34 Pma-Mir-34-P3 Pmi-Mir-34 Sha-Mir-34-P3d Sko-Mir-34 Spt-Mir-34-P3d Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P3d Tca-Mir-34 Tgu-Mir-34-P3d Xbo-Mir-34 Xla-Mir-34-P3d1 Xla-Mir-34-P3d2 Xtr-Mir-34-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (anoCar2) |
2: 2666240-2666298 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P3d) |
Mir-34-P3a
2: 2663692-2663757 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-34-P3c 2: 2665578-2665639 [+] UCSC Ensembl Mir-34-P3d 2: 2666240-2666298 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGGUAUCAGUAUUCUCUGUAUGUGAUGGUUUGGCAGUGUACUCUUAGUUAGCUGUUGUAUAUAUUACAGCAACUAAAUACACUUCCAUAUUAUUGCAUGACUUUGCACCACUGCUUAAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGUAUCAGUAUUCUCUG--| UG U C CUC A UUGUA UAUG AUGGU UGG AGUGUA UUAGUU GCUG U GUAC UAUUA ACC UCACAU AAUCAA CGAC A UAAUUCGUCACCACGUUUCA^ GU U U A-- - AUUAU 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aca-Mir-34-P3d_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0022014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGCAGUGUACUCUUAGUUAGCUG -24
Get sequence
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| Star sequence | Aca-Mir-34-P3d_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0022015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GCAACUAAAUACACUUCCAUA -59
Get sequence
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