| MirGeneDB ID | Aca-Mir-2188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2188 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGGUCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aca-mir-2188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-2188 Cli-Mir-2188 Cmi-Mir-2188 Cpi-Mir-2188 Dre-Mir-2188 Gga-Mir-2188 Gja-Mir-2188 Gmo-Mir-2188 Lch-Mir-2188 Loc-Mir-2188 Mal-Mir-2188 Mdo-Mir-2188 Mun-Mir-2188 Oan-Mir-2188 Pbv-Mir-2188 Sha-Mir-2188 Spt-Mir-2188 Sto-Mir-2188 Tgu-Mir-2188 Tni-Mir-2188 Xla-Mir-2188-P1 Xla-Mir-2188-P2 Xtr-Mir-2188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (anoCar2) |
GL343545.1: 105074-105134 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2188) |
Mir-2188
GL343545.1: 105074-105134 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-194-P2 GL343545.1: 154421-154479 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUCUUGGGGGACAUCAUCACACUUGUGGUCAAGGUCCAACCUCACGUGUCCUGUAUGCGAUAAAAGAGGGAUGCGUGUGGUCAGACCUAGCCCACAAGCCCUGUAUGCUCCUCACACACAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUCUUGGGGGACAUCAUCACA--| UCA CA U GUAUGCG CUUGUGG AGGUC ACC CACGUGUCCU \ GAACACC UCCAG UGG GUGCGUAGGG A GACACACACUCCUCGUAUGUCCC^ CGA AC U AGAAAAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aca-Mir-2188_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0021882 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAGGUCCAACCUCACGUGUCCU -22
Get sequence
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| Star sequence | Aca-Mir-2188_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0021883 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GAUGCGUGUGGUCAGACCUAGC -61
Get sequence
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