| MirGeneDB ID | Xla-Mir-216-P2b4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-216 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUCUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-216-P2b3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-216-P2 Aca-Mir-216-P2b Ami-Mir-216-P2b Asu-Mir-216-P2 Bfl-Mir-216-P2 Bge-Mir-216-P2 Bla-Mir-216-P2 Bpl-Mir-216-P2 Bta-Mir-216-P2b Cbr-Mir-216-P2 Cel-Mir-216-P2 Cfa-Mir-216-P2b Cgi-Mir-216-P2 Cli-Mir-216-P2b Cmi-Mir-216-P2b Cpi-Mir-216-P2b Cpo-Mir-216-P2b Dan-Mir-216-P2 Dma-Mir-216-P2 Dme-Mir-216-P2 Dmo-Mir-216-P2 Dno-Mir-216-P2b Dpu-Mir-216-P2 Dre-Mir-216-P2b Dsi-Mir-216-P2 Dya-Mir-216-P2 Efe-Mir-216-P2 Ete-Mir-216-P2b Gga-Mir-216-P2b Gja-Mir-216-P2b Gmo-Mir-216-P2b Hme-Mir-216-P2 Hsa-Mir-216-P2b Isc-Mir-216-P2 Lch-Mir-216-P2b Lgi-Mir-216-P2 Loc-Mir-216-P2b Mal-Mir-216-P2b Mdo-Mir-216-P2b Mml-Mir-216-P2b Mmu-Mir-216-P2b Mun-Mir-216-P2b Oan-Mir-216-P2b Ocu-Mir-216-P2b Pbv-Mir-216-P2b Rno-Mir-216-P2b Sha-Mir-216-P2b Spt-Mir-216-P2b Sto-Mir-216-P2b Tca-Mir-216-P2 Tgu-Mir-216-P2b Tni-Mir-216-P2b Xtr-Mir-216-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030733.1: 27719537-27719598 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-216-P2b4) |
Mir-217-P4-v2
NC_030733.1: 27719892-27719952 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-217-P4-v1 NC_030733.1: 27719893-27719951 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACGGCUAAACUAAAUGGCUGUGAAUUGGCUUAAUCUCAGCUGGCAACUGUGAGCAGUUAAUAAAUUAUCUCACAGUGGUCUCUGGGAUUAUGCUAAACACAGCAAUUCUCUCGCGUUAUGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACGGCUAAACUAAAUGG---| AA U CU A CAGUUAA CUGUG UUGGC UAAUCUCAG GGC ACUGUGAG \ GACAC AAUCG AUUAGGGUC CUG UGACACUC U AGGUAUUGCGCUCUCUUAAC^ A- U U- G UAUUAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xla-Mir-216-P2b4_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAUCUCAGCUGGCAACUGUGAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Xla-Mir-216-P2b4_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CACAGUGGUCUCUGGGAUUAUG -62
Get sequence
|
