| MirGeneDB ID | Xla-Mir-17-P4a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-17-P1a3 Xla-Mir-17-P1a4 Xla-Mir-17-P1c3 Xla-Mir-17-P1c4 Xla-Mir-17-P2a3 Xla-Mir-17-P2a4 Xla-Mir-17-P2c3 Xla-Mir-17-P2c4 Xla-Mir-17-P4a3 Xla-Mir-17-P4c3 Xla-Mir-17-P4c4 Xla-Mir-17-P4d3 Xla-Mir-17-P4d4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P4a Ami-Mir-17-P4a Bta-Mir-17-P4a Cfa-Mir-17-P4a Cli-Mir-17-P4a Cmi-Mir-17-P4a Cpi-Mir-17-P4a Cpo-Mir-17-P4a Dno-Mir-17-P4a Ete-Mir-17-P4a Gga-Mir-17-P4a Gja-Mir-17-P4a Hsa-Mir-17-P4a Lch-Mir-17-P4a Loc-Mir-17-P4a Mdo-Mir-17-P4a Mml-Mir-17-P4a Mmu-Mir-17-P4a Mun-Mir-17-P4a Ocu-Mir-17-P4a Pbv-Mir-17-P4a Rno-Mir-17-P4a Sha-Mir-17-P4a Spt-Mir-17-P4a Sto-Mir-17-P4a Tgu-Mir-17-P4a Xtr-Mir-17-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030727.1: 104998958-104999018 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4a4) |
Mir-92-P1a4
NC_030727.1: 104998709-104998768 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2a4 NC_030727.1: 104998831-104998891 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a4 NC_030727.1: 104999254-104999318 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a4 NC_030727.1: 104999384-104999445 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUACAAGCACCAAUUUGGCUAAUGUGGUGCUAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAGUUGUUUGUGUAUUCUACUGCAUUAUGAGCACUUAAAGUACUUCUAGCUGCAUAUCUGUGCAACCCGUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUACAAGCACCAAUUUG----| AUGU A- G UUGUUU GCUA GGUGCU AAGUGCUUAUAGUGCAG UAG \ CGAU UCAUGA UUCACGAGUAUUACGUC AUC G CUGCCCAACGUGUCUAUACGU^ CU-- AA - UUAUGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-17-P4a4_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-17-P4a4_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- ACUGCAUUAUGAGCACUUAAAGU -61
Get sequence
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