| MirGeneDB ID | Tni-Mir-96-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-96 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UUGGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-96-P1a Tni-Mir-96-P1b Tni-Mir-96-P2a Tni-Mir-96-P3a Tni-Mir-96-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-96-P2 Aca-Mir-96-P2 Ami-Mir-96-P2 Asu-Mir-96-P2 Bge-Mir-96-P2 Bta-Mir-96-P2 Cel-Mir-96-P2 Cfa-Mir-96-P2 Cin-Mir-96-P2 Cli-Mir-96-P2 Cmi-Mir-96-P2 Cpi-Mir-96-P2 Cpo-Mir-96-P2 Cte-Mir-96-P2 Dan-Mir-96-P2 Dma-Mir-96-P2 Dme-Mir-96-P2 Dno-Mir-96-P2 Dpu-Mir-96-P2 Dsi-Mir-96-P2 Dya-Mir-96-P2 Ete-Mir-96-P2 Gga-Mir-96-P2 Gja-Mir-96-P2 Hme-Mir-96-P2 Hsa-Mir-96-P2 Isc-Mir-96-P2 Lan-Mir-96-P2 Lch-Mir-96-P2 Lgi-Mir-96-P2 Loc-Mir-96-P2 Mal-Mir-96-P2b Mdo-Mir-96-P2 Mml-Mir-96-P2 Mmu-Mir-96-P2 Mun-Mir-96-P2 Npo-Mir-96-P2 Oan-Mir-96-P2 Obi-Mir-96-P2 Ocu-Mir-96-P2 Ovu-Mir-96-P2 Pbv-Mir-96-P2 Pfl-Mir-96-P2 Pmi-Mir-96-P2 Rno-Mir-96-P2 Sha-Mir-96-P2 Sko-Mir-96-P2 Spt-Mir-96-P2 Spu-Mir-96-P2 Sto-Mir-96-P2 Tca-Mir-96-P2 Tgu-Mir-96-P2 Xtr-Mir-96-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
13: 5039756-5039820 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CACGCAGAUCUGGCCUUCUCUCCCACAGUGUUUGGCAAUGGUAGAACUCACUCCGGUGGGUUAGAAGGAUCCGGUGGUUCUAGACUUGCCAACAACUGACCGAGAGCUGGAACCUCAGGAAGAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CACGCAGAUCUGGCCUU--| CCA GU UGG U CCGGUGGGU CUCUC CAGU UUGGCAA UAGAAC CACU U GAGAG GUCA AACCGUU AUCUUG GUGG A GGAGAAGGACUCCAAGGUC^ CCA AC CAG - CCUAGGAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tni-Mir-96-P2b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUGGCAAUGGUAGAACUCACU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tni-Mir-96-P2b_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UGGUUCUAGACUUGCCAACAA -65
Get sequence
|
