| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-7-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tgu-mir-7-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tgu-Mir-7-P1 Tgu-Mir-7-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-7 Aca-Mir-7-P2 Ami-Mir-7-P2 Asu-Mir-7 Bfl-Mir-7 Bge-Mir-7 Bla-Mir-7 Bta-Mir-7-P2 Cfa-Mir-7-P2 Cgi-Mir-7 Cin-Mir-7 Cli-Mir-7-P2 Cmi-Mir-7-P2 Cpi-Mir-7-P2 Cpo-Mir-7-P2 Cte-Mir-7 Dan-Mir-7 Dma-Mir-7 Dme-Mir-7 Dmo-Mir-7 Dno-Mir-7-P2 Dre-Mir-7-P2b Dsi-Mir-7 Dya-Mir-7 Esc-Mir-7 Ete-Mir-7-P2 Gga-Mir-7-P2c Gga-Mir-7-P2d Gja-Mir-7-P2 Gmo-Mir-7-P2a Hme-Mir-7 Hsa-Mir-7-P2 Isc-Mir-7 Lan-Mir-7 Lch-Mir-7-P2 Lgi-Mir-7 Loc-Mir-7-P2 Lpo-Mir-7 Mal-Mir-7-P2a Mdo-Mir-7-P2 Mml-Mir-7-P2 Mmu-Mir-7-P2 Mun-Mir-7-P2 Npo-Mir-7 Oan-Mir-7-P2 Obi-Mir-7 Ocu-Mir-7-P2 Ovu-Mir-7 Pbv-Mir-7-P2 Pfl-Mir-7 Pma-Mir-7-o2 Pmi-Mir-7 Rno-Mir-7-P2 Sha-Mir-7-P2 Sko-Mir-7 Spt-Mir-7-P2 Spu-Mir-7 Sto-Mir-7-P2 Tca-Mir-7 Xbo-Mir-7 Xla-Mir-7-P2e Xla-Mir-7-P2f Xtr-Mir-7-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
Z: 61033813-61033876 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAUUUCAGUGGAUGUUGGCCUAGUUCUGUGUGGAAGACUAGUGAUUUUGUUGUUUUUUGAUAACUAAAUUGACAACAAAUCACAGUCUGCCAUAUGGCACAGACCAUGCCUCUACAGGACAAGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAUUUCAGUGGAUGUUGGCCUA--| U A A U UUUUGAU GU CUGUGUGG AGACU GUGAUUU GUUGUU A CA GGUAUACC UCUGA CACUAAA CAACAG A UGAACAGGACAUCUCCGUACCAGA^ C G - - UUAAAUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tgu-Mir-7-P2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0014510 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGAAGACUAGUGAUUUUGUUGUU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tgu-Mir-7-P2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0014632 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CAACAAAUCACAGUCUGCCAUA -64
Get sequence
|
