| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-872 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-872 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGGUUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-872 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cpo-Mir-872 Ocu-Mir-872 Rno-Mir-872 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Glires | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Glires | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr4: 94665167-94665227 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAGGGGGUUGUGUAGAUGGUAACUUGUUAGAAGGUUACUUGUUAGUUCAGGACCUCAUUACUUUCUGCCUGAACUAUUGCAGUAGCCUCCUAACUGGUUAUCCCACCUCCAUUCUUGCCCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CAGGGGGUUGUGUAGAU-- U A U --| ACCUCAU GGUAACU GUUAG AGGUUAC UGU UAGUUCAGG U CUAUUGG CAAUC UCCGAUG ACG AUCAAGUCC A CCCCGUUCUUACCUCCACC U C - UU^ GUCUUUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-872_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0004934 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAGGUUACUUGUUAGUUCAGG -21
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004934 TargetScanVert: mmu-miR-872-5p miRDB: MIMAT0004934 |
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| Star sequence | Mmu-Mir-872_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0004935 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGAACUAUUGCAGUAGCCUCCU -61
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004935 TargetScanVert: mmu-miR-872-3p miRDB: MIMAT0004935 |
