| MirGeneDB ID | Mdo-Let-7-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Let-7-P1d Mdo-Let-7-P2a1 Mdo-Let-7-P2a2 Mdo-Let-7-P2a3 Mdo-Let-7-P2b1 Mdo-Let-7-P2b2 Mdo-Let-7-P2c1 Mdo-Let-7-P2c2 Mdo-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P1b Ami-Let-7-P1b Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P1b Cfa-Let-7-P1b Cgi-Let-7 Cin-Let-7-P1 Cpi-Let-7-P1b Cpo-Let-7-P1b Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P1b1 Dre-Let-7-P1b2 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P1b Gja-Let-7-P1b Gmo-Let-7-P1b1 Gmo-Let-7-P1b2 Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P1b Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P1b Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P1b Mal-Let-7-P1b1 Mal-Let-7-P1b2 Mml-Let-7-P1b Mmu-Let-7-P1b Mun-Let-7-P1b Npo-Let-7 Oan-Let-7-P1b Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P1b Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P1b Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P1b Sha-Let-7-P1b Sko-Let-7 Spt-Let-7-P1b Spu-Let-7 Sto-Let-7-P1b Tca-Let-7 Tni-Let-7-P1b1 Tni-Let-7-P1b2 Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P1b3 Xla-Let-7-P1b4 Xtr-Let-7-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
gnl|ti|369864707: 266-332 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGCCCUGUCCACCUCGUGCGCUGCCCGGGCUGAGGUAGUAGGUUGUACAGUUGAGAAGGACACCUGUGGAGAUAACUGUACGACUCACUAGCUUUCCCCAGGCUGUGCCCUGCACCGGAGGAGGAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGCCCUGUCCACCUCGU--| U C CU G AG GAGAAGGACA GCGC GCC GGG GAG UAGU GUUGUACAGUU \ CGUG CGG CCC UUC AUCA CAGCAUGUCAA C GGAGGAGGAGGCCACGUCC^ U A CU G CU UAGAGGUGUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Not in assembly but in trace archives. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mdo-Let-7-P1b_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUACAGUU -22
Get sequence
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| Star sequence | Mdo-Let-7-P1b_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
45- CUGUACGACUCACUAGCUUUCC -67
Get sequence
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