| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-9-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-9-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cfa-Mir-9-P1 Cfa-Mir-9-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-9-P3 Bfl-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Bta-Mir-9-P3 Cin-Mir-9 Cli-Mir-9-P3 Cpi-Mir-9-P3 Cpo-Mir-9-P3 Cte-Mir-9 Dno-Mir-9-P3 Dre-Mir-9-P3a Esc-Mir-9 Ete-Mir-9-P3 Gga-Mir-9-P3 Gja-Mir-9-P3 Gmo-Mir-9-P3a Gmo-Mir-9-P3b Hme-Mir-9-o3 Hsa-Mir-9-P3 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lch-Mir-9-P3 Lgi-Mir-9 Loc-Mir-9-P3 Mal-Mir-9-P3a Mal-Mir-9-P3b Mdo-Mir-9-P3 Mml-Mir-9-P3 Mmu-Mir-9-P3 Mun-Mir-9-P3 Npo-Mir-9 Oan-Mir-9-P3-v1 Oan-Mir-9-P3-v2 Obi-Mir-9 Ocu-Mir-9-P3 Ovu-Mir-9 Pbv-Mir-9-P3 Pma-Mir-9-o3 Pmi-Mir-9 Rno-Mir-9-P3 Sha-Mir-9-P3 Spt-Mir-9-P3 Spu-Mir-9 Tgu-Mir-9-P3 Tni-Mir-9-P3a Tni-Mir-9-P3b Xbo-Mir-9 Xla-Mir-9-P3c Xla-Mir-9-P3d Xtr-Mir-9-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr7: 41509404-41509465 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCACCAGCCAGGAGGCGGGGUUGGUUGUUAUCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGAGUGGUGUGGAGUCUUCAUAAAGCUAGAUAACCGAAAGUAAAAAUAACCCCAUACACUGCGCAGAGGGCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCACCAGCCAGGAGGCG---| GUUG UC G GUGGUG GGGUUG UUA UUUGGUUAUCUAGCU UAUGA U CCCAAU AAU AAGCCAAUAGAUCGA AUACU G CCGGGAGACGCGUCACAUAC^ AAA- GA A UCUGAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-9-P3_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0006674 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-9 miRDB: MIMAT0006674 |
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| Star sequence | Cfa-Mir-9-P3_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUAAAGCUAGAUAACCGAAAGUA -62
Get sequence
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