| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-652 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGGCGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-652 Cpo-Mir-652 Dno-Mir-652 Ete-Mir-652 Hsa-Mir-652 Mml-Mir-652 Mmu-Mir-652 Ocu-Mir-652 Rno-Mir-652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chrX: 83271857-83271918 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCAGGGCUGCCACGAAUGGCUUUGCACUACACAACCCUAGGAGAGGGUGCCAUUCACAUAGACUAUAAUUGAAUGGCGCCACUAGGGUUGUGCAGUGCACAACCUACACAACUGUACUCGGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCAGGGCUGCCACGAAU-| CUU A GAGAG CAUAGA GG UGCACU CACAACCCUAG GGUGCCAUUCA \ CC ACGUGA GUGUUGGGAUC CCGCGGUAAGU C CGGCUCAUGUCAACACAU^ AAC C A---- UAAUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-652_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAACCCUAGGAGAGGGUGCCAUUCA -26
Get sequence
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| Mature sequence | Cfa-Mir-652_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0006743 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- AAUGGCGCCACUAGGGUUGUG -62
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-652 miRDB: MIMAT0006743 |
