| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-1343 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1343 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCCUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-1343 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-1343 Cpo-Mir-1343 Dno-Mir-1343 Hsa-Mir-1343 Ocu-Mir-1343 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr18: 32990120-32990178 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGGAACCAACGAUGAUGCUGGCUUCGGUGCUGGGGAGCGGCCCCCGGGCGGGCCUCUGCUCUGGCCCCUCCUGGGGCCCGCACUCUCGCUCCGGGCCCGCUCCACCUCGGCUGCUGACAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGGAACCAACGAUGAUGCU---| U U U A C C CCUCUG GGCU CGG GC GGGG GCGG CCCCGGG GGG \ CCGG GCC CG UCUC CGCC GGGGUCC CCC C ACAGUCGUCGGCUCCACCUCGC^ - U C A C U CGGUCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-1343_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGGGAGCGGCCCCCGGGCGGG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cfa-Mir-1343_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0034357 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CUCCUGGGGCCCGCACUCUCGC -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-1343 miRDB: MIMAT0034357 |
