| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-1301 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1301 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGCAGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-1301 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-1301 Cpo-Mir-1301 Dno-Mir-1301 Ete-Mir-1301 Hsa-Mir-1301 Mml-Mir-1301 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr17: 19575834-19575893 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAAGCGACCCCUAGAAUGGGGCUUGUGGGGGGUCACUCUGGGCACCGCAACACUGUGCUAGGGAUGUUGCAGCUGCCUGGGAGUGACUUCACACAGUCCUCUCUGCCUCAAGGGUCACCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UAAGCGACCCCUAGAAU-- C G - UG CC-| CUGUG GGGG UUGUG GGGGUCACU C GGCA GCAACA C CUCC GACAC CUUCAGUGA G CCGU CGUUGU U CCCACUGGGAACUCCGUCU U A G GU CGA^ AGGGA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-1301_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUCACUCUGGGCACCGCAACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cfa-Mir-1301_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0034337 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UUGCAGCUGCCUGGGAGUGACUUC -60
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-1301 miRDB: MIMAT0034337 |
