| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-1296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1296 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAGGGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-1296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-1296 Cpo-Mir-1296 Dno-Mir-1296 Ete-Mir-1296 Hsa-Mir-1296 Mml-Mir-1296 Ocu-Mir-1296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr4: 15180118-15180182 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGAAAUCAGCGAAUAACCUACCUAACUGGAUUAGGGCCCUGGCUCCAUCUCCUUUAGGAAAACCUUCUGUGGGGAGUGGGGCUUUGACCCUAACCCAGCUGGGCUGUAACACUGCUGCAUUUUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGAAAUCAGCGAAUAACCUA--| A A CCCU U UUUAGGAAA CCUA CUGG UUAGGG GGCUCCA CUCC A GGGU GACC AAUCCC UCGGGGU GAGG C UCUUUUACGUCGUCACAAUGUC^ C C AGUU - GGUGUCUUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-1296_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0034413 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAGGGCCCUGGCUCCAUCUCC -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-1296 miRDB: MIMAT0034413 |
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| Star sequence | Cfa-Mir-1296_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- AGUGGGGCUUUGACCCUAACC -65
Get sequence
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